Фамилия Марунский образована по самой распространённой в польско-белорусско-украинской традиции модели — с суффиксом -ский. Такие фамилии в XVI–XVIII веках обычно указывали на владельческий статус (дворянский или шляхетский) либо на географическое происхождение: человек получал фамилию по названию поместья, деревни или местечка, откуда был родом.

Основа Марун- восходит либо к имени Маруня (уменьшительная форма от Мария в западнорусских и украинских говорах), либо к названию населённого пункта. В Беларуси и на западе России известны топонимы Маруны (деревни в Витебской и Минской областях), а также урочища с похожим корнем. Если фамилия происходит от имени, то её носитель — потомок человека по прозвищу Маруня, то есть «Марунский» означало «сын или слуга Маруни». Если же от названия деревни — то «тот, кто из Марунов».

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «марун» — в некоторых говорах так называли угрюмого, нелюдимого человека. Однако эта версия слабее, потому что для прозвищ с суффиксом -ский характерна скорее топонимическая, а не характеризующая функция.

В исторических документах фамилия встречается с XVII века на территории Речи Посполитой, в основном среди мелкой шляхты и крестьян-однодворцев. В Российской империи после разделов Польши носители фамилии фиксировались в Могилёвской, Витебской и Киевской губерниях. Сегодня Марунский — фамилия редкая, но не исчезнувшая: её можно встретить в Беларуси, на Украине и в южных областях России, куда переселялись крестьяне в XIX веке.

Интересная деталь: в польском языке фамилия могла писаться как Maruński, а в русской передаче твёрдое «ы» в суффиксе закрепилось из-за того, что основа оканчивалась на «н» — по правилам русской орфографии после твёрдых согласных пишется «-ский», а не «-ский» с мягким знаком.