Фамилия Маруня — редкий случай, когда мы почти наверняка можем определить пол родоначальника, но не можем с ходу назвать его имя. Всё дело в суффиксе. Окончание -я в русских фамилиях — это почти всегда русифицированная форма украинской или белорусской фамилии на -енко, -ук или -юк. Но здесь, скорее всего, иная модель: суффикс -ун(я) характерен для прозвищ, образованных от глаголов. Маруня — это «тот, кто марает», пачкун, грязнуля. Прозвище, данное за неопрятность или за работу, связанную с грязью (например, трубочист, гончар, землекоп).

Есть и вторая версия, более очевидная на первый взгляд, но менее вероятная. Основа «Мар-» может отсылать к имени Мария (в украинском уменьшительном варианте Маруня). Однако фамилии от женских имён в восточнославянской традиции — редкость. Они появлялись, если мать была вдовой или если женщина была главой большого хозяйства. В таком случае Маруня — это «Марии сын» или «Марии человек». Но прозвищная версия с глаголом «марать» исторически правдоподобнее: такие «говорящие» фамилии давали чаще, чем фамилии от женских имён.

Географически фамилия тяготеет к западу: Украина (особенно правобережная), юг Беларуси, западные области России (Брянщина, Смоленщина). В этих краях суффикс -ун(я) в прозвищах жив до сих пор: «брехуня» (врун), «стригуня» (стригунок). Маруня — из того же гнезда. Если искать однокоренные фамилии, то ближе всего будут Марунов, Марун, Маруненко — все они держатся вокруг одного корня, но Маруня стоит особняком из-за своего «нефамильного» на вид окончания.

Сословной привязки у фамилии нет: её могли носить и крестьяне, и мещане. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках не числится. Встречается она нечасто, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы нашли Маруню в документах, это почти наверняка ваш прямой предок, а не однофамилец со стороны.