Фамилия Марусева образована от имени Марусь — просторечной, разговорной формы церковного имени Мар (встречается также вариант Марес). Имя Мар пришло из сирийского языка, где означало «господин» или «господний». В православных святцах его связывают с двумя почитаемыми фигурами: преподобным Маром-певцом (память 7 февраля) и мучеником Маром Персидским (10 апреля). Таким образом, в основе фамилии лежит не прозвище и не род занятий, а личное имя, которое в народной среде приобрело уменьшительно-ласкательную форму с типичным суффиксом -усь.

Модель образования фамилии — стандартная для русской ономастики: к основе Марусь- добавился суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Марусев). Такая патронимическая фамилия означает «сын (или потомок) Маруся». Окончание -а в современном написании — это женская форма, но по происхождению фамилия является общей для всего рода, а её носительницей могла быть и женщина, и мужчина (в исторических документах встречается форма Марусев).

Скорее всего, основатель рода Марусевых не принадлежал к знати: имена вроде Мара в просторечии чаще бытовали среди крестьян, посадских людей и духовенства низшего звена. Дворянские роды с такой фамилией неизвестны. Географически фамилия встречается в центральных и северных регионах России, но массового распространения не получила — она остаётся сравнительно редкой.

Отдельно стоит обратить внимание на возможную путаницу: фамилию Марусева иногда ошибочно связывают с женским именем Маруся (формой от Мария). Однако это разные корни. Маруся — уменьшительное от Марии, а Марусь — от Мара. Разница видна в ударении и в происхождении: в первом случае основа заимствована из древнееврейского, во втором — из сирийского.