Фамилия Марусенко — один из ярких примеров украинской модели фамилеобразования с патронимическим суффиксом -енко. Этот суффикс, широко распространённый на Левобережной и Степной Украине, буквально означал «маленький» или «сын»: Марусенко — сын Маруси. Основа фамилии — женское имя Маруся, уменьшительно-ласкательная форма канонического имени Мария.

Значение самого имени Мария — предмет давних споров ономастов. Библейская традиция возводит его к древнееврейскому корню, который может толковаться как «госпожа» (именно этот вариант закрепился в православной традиции). Однако есть и альтернативные версии: от египетского «возлюбленная» или от еврейского «отвергнутая», «печальная». В бытовой украинской среде имя Маруся было настолько популярным, что стало нарицательным для обозначения девушки вообще, что и объясняет массовость фамилий с этой основой.

Важно, что фамилия образована не от мужского, а от женского имени. Это не редкость для украинской традиции: в семьях, где отец рано умирал или отсутствовал, детей могли записывать по матери (так называемые матриархальные патронимы). Впрочем, «Марусенко» могло закрепиться и как прозвище для человека, воспитанного женщиной по имени Маруся, или для того, кто находился у неё в услужении.

В отличие от великорусских дворянских фамилий, которые часто образовывались с суффиксами -ов/-ев или -ин, украинское -енко в XVII–XVIII веках было маркером казацкой старшины и мещанства, но со временем распространилось на все сословия. Поэтому искать в фамилии Марусенко дворянские корни стоит только в том случае, если документально подтверждено, что предок входил в реестровое казачество или получил шляхетство при Российской империи. В большинстве же случаев носитель фамилии — потомок свободного крестьянина или казака из центральной или восточной Украины.

Географически фамилия Марусенко наиболее плотно представлена в Черкасской, Полтавской и Киевской областях, что совпадает с ареалом распространения типично украинских фамилий на -енко. Встречается и вариант Марусенков — результат русификации окончания при переселении носителей в северные губернии.