Фамилия Маруся — редкий случай, когда в основе лежит не полное имя, а его уменьшительно-ласкательная форма. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ов/-ев, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Маруся стоит особняком. Это так называемая «матронимическая» фамилия, то есть произведённая от женского имени. Исходное имя — Мария, а Маруся — его народная, разговорная форма, распространённая в украинских и южнорусских говорах.

С точки зрения словообразования, фамилия застыла в именительном падеже без типичного суффикса принадлежности. Это указывает на то, что она могла возникнуть не в центральной России, а на западных или южных территориях, где фамилии нередко оформлялись как прозвища без патронимического суффикса (сравните с украинскими фамилиями типа Шевченко, Богдан). В русской традиции фамилия Маруся могла закрепиться за человеком, которого в окружении знали исключительно по этому ласковому имени, либо за внебрачным ребёнком, которого записали по матери. Второй вариант — историческая реальность: в крестьянской среде, если отец был неизвестен, ребёнку давали фамилию по имени матери, и Маруся здесь — один из возможных примеров.

Поскольку фамилия не суффиксальная, её географическое распространение узкое. Она встречается в основном в Украине, Беларуси и в южных областях России (Курская, Белгородская, Ростовская области). В центральных и северных регионах России она редка, так как там предпочитали модели на -ин (Марусин, Марьин) или -ов (Марьин ещё, но уже от полной формы). В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» фамилия Маруся не упоминается как типичная русская, что косвенно подтверждает её региональный и матронимический характер.

Интересно, что фамилия не имеет варианта с удвоенной «с» (Маруссия) — это говорит о том, что носители не связывали её с церковнославянским именем Мария, а воспринимали как бытовое, «домашнее» прозвище. Среди однокоренных фамилий — Марусин, Марусев, Марущенко (украинская). Но именно Маруся — самая прямая и неприкрытая: она не прячет имя за суффиксом, а оставляет его таким, каким его слышали соседи и родня.