Фамилия Марянинова образована от имени Маряня — так в старину в народной среде звучали церковные имена Марий и Марин. Первое из них сирийского происхождения и переводится как «господин» или «господний», второе восходит к латинскому слову «маринус» — «морской». Оба имени в просторечии слились в одну уменьшительную форму, которая и дала жизнь фамилии.

Словообразовательная цепочка здесь прозрачна и типична для русских фамилий: Маряня → Марянин → Марянинов. Перед нами отчество второго порядка, то есть «внучий» патроним. Марянинов — это сын Марянина и внук Маряни. Такой тип фамилий складывался постепенно: сначала отчество закреплялось за сыном, затем переходило к внуку и уже в следующем поколении становилось наследственным родовым именем.

Суффикс -ин в основе Марянин указывает на принадлежность: «чей ты?» — «Марянин», то есть потомок Маряни. Финальный суффикс -ов в фамилии Марянинов добавляет ещё одну ступень родства и окончательно оформляет фамилию. Подобная двухступенчатая модель встречается нечасто, что делает эту фамилию заметной среди более простых одноуровневых образований вроде Марьин или Маринин.

Имя Маряня, а значит и сама фамилия, скорее всего, бытовало в крестьянской или посадской среде. Церковные имена в уменьшительной форме получали в быту люди всех сословий, но именно у простого люда такие формы легче закреплялись в качестве официальных фамилий. Дворянские роды чаще сохраняли полные календарные имена в основе, а вот Маряниновы, судя по всему, ведут род от человека, которого в округе знали именно как Маряню.

В написании фамилии возможны варианты: Марянинов и Марьянинов, с мягким знаком после р. Оба варианта встречаются в документах, и оба передают одну и ту же основу. Путаница возникла из-за того, что в разговорной речи имя Маряня произносилось с мягким р, а на письме это не всегда отражалось последовательно.