Фамилия Масаки — редкий случай в русском ономастиконе. Если отбросить очевидное японское звучание (Масаки — распространённое японское имя и фамилия), для России её происхождение почти наверняка иное и гораздо прозаичнее. Скорее всего, перед нами не коренная русская фамилия, а искусственное или адаптированное образование, возникшее в среде духовенства.

Самый правдоподобный путь — семинарская фамилия. В духовных училищах и семинариях XVIII–XIX веков будущим священникам нередко давали фамилии, образованные от греческих или латинских слов, а также переведённые на эти языки русские прозвища. «Масаки» может быть искажённой или латинизированной формой от греческого «масаомай» (μασάομαι) — «жевать», «кусать». В таком случае фамилия могла означать «Жевательный» или «Кусачий» и даваться семинаристу с соответствующим прозвищем или характером. Альтернатива — переделка на иностранный лад русской фамилии Масаков или Масакин, где основа «масак» могла быть диалектным прозвищем (например, от «масак» — неуклюжий человек, увалень в некоторых говорах).

Второй вариант — фамилия тюркского происхождения. В татарском и башкирском языках есть слово «масак» — «колос» (зерновых). Прозвище Маса́к могли дать крестьянину-земледельцу или человеку с жёлтыми, как солома, волосами. При русификации через суффикс -ов/-ев оно превратилось бы в Масаков, но форма без суффикса (Масаки) характерна для фамилий, которые фиксировались в документах уже в таком виде, например, у крещёных татар или в среде казачества, где нередко оставляли прозвище без изменений.

Географически фамилия Масаки встречается точечно. Основные очаги — Поволжье (Татарстан, Башкортостан) и юг России (Ростовская область, Краснодарский край), что согласуется как с тюркской версией, так и с возможным греческим следом через греческие поселения Приазовья. В центральных русских губерниях она практически не известна.

Что касается японского следа — он возможен, но только для современных носителей, чьи предки переселились в Россию в XX веке. Для подавляющего большинства русских Масаки это случайное совпадение звучания с японской фамилией, а реальные корни лежат в местных говорах или семинарской книжности.