Фамилия Машаракин — одна из тех, чей корень уходит в прозвища, образованные от глаголов со значением активного, иногда неодобрительного действия. Основа «машар» или «машара» скорее всего восходит к диалектному глаголу «машаракать» — в некоторых говорах это означало «болтать», «говорить вздор», «пустословить». Соответственно, Машаракой в народе могли прозвать говорливого, суетливого человека или того, кто любит рассказывать небылицы. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Машаракин — сын Машараки, то есть потомок человека с таким прозвищем.

Менее вероятна, но не исключена версия от тюркского слова «машар» — так в некоторых тюркских языках называли бурдюк или кожаный мешок для воды. Прозвище Машарака могли дать полному, грузному человеку или, наоборот, кожевнику, выделывающему бурдюки. Однако эта гипотеза слабее: фамилия не имеет характерных тюркских формантов, а суффикс -ин типичен для русской модели отчества от прозвища.

Фамилия редкая, в основном фиксируется в центральных и южных областях России, единичные случаи — в Сибири. Это говорит о том, что она не вышла за пределы одного-двух локальных родов. В дореволюционных переписях Машаракиных чаще всего записывали крестьянами или мещанами — сословный состав тут типичный для фамилий на -ин, образованных от прозвищ, а не от календарных имён.

Интересно, что фамилия сохранила архаичную форму с ударением на последний слог (Машара́кин), что тоже указывает на её диалектное происхождение. В современных носителях, если судить по открытым данным, фамилия не встречается среди известных деятелей науки или искусства, оставаясь бытовой, семейной. Это не делает её менее ценной: за ней стоит живая речь предков, которые дали прозвище, а оно закрепилось в роду.