Фамилия Машутю — редкий пример, который выбивается из привычных русских фамильных моделей. Если большинство фамилий оканчивается на -ов, -ин или -ский, то здесь мы видим конечное -ю, что сразу указывает на нерусское, скорее всего украинское или белорусское происхождение. В украинском языке суффикс -юк (упрощённый до -ю) указывает на принадлежность: сын или потомок человека, названного в основе. Таким образом, Машутю — это вариант фамилии Машутюк, где конечный «к» со временем мог отпасть в разговорной речи или при записи.

Основа фамилии — личное имя Машута. Это уменьшительно-ласкательная форма от канонического имени Матвей или, реже, от Матфей. В народной среде имя Матвей часто превращалось в Матюша, Машута, Машутка. Суффикс -ут- характерен для украинской и белорусской антропонимии (ср. Левутя, Иванюта). Следовательно, Машута — это либо ребёнок, либо младший родственник Матвея, а Машутю — его прямой потомок.

География фамилии тоже подсказывает её корни. Машутю встречается преимущественно в западных областях Украины (Волынь, Ровенщина) и на юго-западе Беларуси. В этих регионах были распространены фамилии на -юк, -ук, -чук. Если предки носили фамилию Машутю, они, скорее всего, были крестьянами или мещанами из этих земель, а фамилия закрепилась за их родом не ранее XVII–XVIII веков, когда такие прозвания стали передаваться по наследству.

В русском языке фамилия Машутю не склоняется, что тоже сближает её с украинскими моделями (как Ковальчу, Шевчу). Есть и другой, менее вероятный вариант происхождения: от прозвища Машута, которое могло относиться к человеку с мягким, «машущим» характером или к тому, кто часто машет руками. Но связь с именем Матвей остаётся основной и подтверждается типовой словообразовательной моделью.

Таким образом, фамилия Машутю — это украинский или белорусский вариант фамилии Машутюк, означающий «потомок Машуты», то есть потомок человека по имени Матвей.