Фамилия Масонова — женская форма фамилии Масонов, и её разбор стоит начать с мужского варианта, так как именно он несет основную смысловую нагрузку. В основе лежит слово «масон». Казалось бы, всё очевидно: предок мог состоять в масонской ложе. Однако в России XVIII–XIX веков масонами были преимущественно дворяне и высшая интеллигенция, а фамилии у них, как правило, уже были. Крестьяне и мещане, которые и получали большинство «профессиональных» фамилий, вряд ли имели отношение к тайным обществам.

Поэтому правдоподобнее другая версия: фамилия образована от прозвища Масон, которое давали не за членство в ложе, а за внешность или поведение. В народной среде «масоном» могли назвать человека, который держится особняком, ведет замкнутый образ жизни или носит необычную, «странную» одежду — словом, того, кто «себе на уме». В некоторых говорах слово «масон» могло искажаться до «мазан» или «мазень» (от «мазать»), но для данной фамилии такое сближение маловероятно — суффикс -ов однозначно указывает на притяжательное значение «чей?»: сын Масона.

Суффикс -ов — один из самых распространенных в русских фамилиях, он указывает на принадлежность к роду. Географически фамилия Масонов не привязана к какому-то одному региону, встречается рассеянно, что тоже косвенно говорит в пользу прозвищного, а не сословного происхождения: если бы предки были дворянами-масонами, фамилия чаще встречалась бы в столичных губерниях. Скорее всего, родоначальник Масоновых — крестьянин или посадский человек, получивший свое прозвище за необычный для деревни нрав или внешний вид.