Фамилия Массагутов — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия и не внешность, а этноним. Первое, что приходит в голову специалисту по ономастике: связь с древним народом массагетов. Эти кочевые племена, жившие в I тысячелетии до н. э. в Приаралье и на восточном побережье Каспия, известны по трудам Геродота — именно с ними воевал персидский царь Кир Великий. Однако напрямую выводить фамилию от античного племени было бы натяжкой: слишком велик временной разрыв. Скорее всего, перед нами прозвище, которое дали человеку за схожесть с образом массагета — сурового воина, кочевника, степняка. В русской традиции такие прозвища по «национальному» признаку (Татарин, Немчин, Грек) давали часто, и Массагут могло быть книжным или нарочито архаичным вариантом.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов присоединился к основе Массагут. Это указывает на то, что прозвище Массагут носил конкретный человек — родоначальник семьи. Где именно могло появиться такое прозвище? Вероятнее всего, в среде, где были грамотные люди, знакомые с античной историей: среди духовенства, учителей, служилых людей, имевших доступ к книгам. Не исключено, что фамилия возникла в семинарской среде: будущим священникам нередко давали «учёные» фамилии, образованные от названий древних народов или географических понятий. В этом ряду стоят, например, фамилии Ассириянтов, Скифов, Афинских.

Впрочем, есть и более прозаичная версия. В тюркских языках, особенно в казахском и башкирском, встречается слово «масағұт» или близкие к нему формы, которые могут означать «упрямый», «крепкий», «настойчивый». Учитывая, что фамилия Массагутов встречается в основном среди башкир и татар (в Башкортостане, Татарстане, Челябинской области), тюркская основа выглядит даже правдоподобнее античной. В этом случае корень не связан с массагетами, а происходит от местного прозвища с конкретным значением. Спор двух версий — книжной, исторической, и бытовой, тюркской — как раз и составляет главную загадку этой фамилии.

В любом случае, носители фамилии Массагутов — люди, чьи предки выделялись среди окружающих: либо образованностью и начитанностью (если верна античная версия), либо характером и статью (если верна тюркская). Фамилия нечастотная, и её обладатели, скорее всего, знают друг о друге или имеют общие корни в пределах одного региона.