Фамилия Матроник — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от фамилий на -ов или -ин, эта оканчивается на -ик, что сразу указывает на определённую словообразовательную модель. Суффикс -ик в русских фамилиях часто выполняет уменьшительную или прозвищную функцию, а также может указывать на принадлежность к определённой группе людей (как, например, в украинских и белорусских фамилиях).

Самая вероятная версия — фамилия образована от прозвища или имени Матрона. В основе лежит женское имя Матрона (от латинского matrona — «почтенная замужняя женщина», «мать семейства»). В русской традиции имя было распространено в простонародье, особенно в южных и западных регионах. Фамилия Матроник могла означать «сын Матроны» или «человек, имеющий отношение к Матроне». Суффикс -ик здесь выступает как вариант более привычного -ич (сравните: Ильич — Ильик в некоторых говорах). То есть первоначально это было отчество: «чей? — Матроников», которое со временем сократилось до Матроник.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с глаголом «матросить» (в диалектах означало «шататься без дела», «бродяжничать») или со словом «матроник» как названием какого-либо предмета или орудия труда. Однако такие значения не зафиксированы в авторитетных словарях русских говоров, и эта гипотеза остаётся умозрительной.

Географически фамилия Матроник встречается крайне редко, преимущественно на западе России, в Беларуси и на Украине. Это косвенно подтверждает версию о происхождении от имени Матрона, которое было особенно популярно в православной среде этих регионов. Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к крестьянству или мещанству — в дворянской среде такие «простые» отчества с суффиксом -ик не приживались.

Таким образом, фамилия Матроник — это, по всей видимости, отчество от женского имени Матрона, закрепившееся в форме с уменьшительным или патронимическим суффиксом. Носитель этой фамилии может считать, что его предок был сыном женщины по имени Матрона, что в патриархальном обществе было необычно и указывало либо на особую роль матери в семье, либо на то, что отец был неизвестен или умер рано.