Фамилия Мацыненко звучит как типичная украинская, и это первое, что бросается в глаза: суффикс -енко указывает на происхождение с территории современной Украины. В XVII–XIX веках такие фамилии обозначали потомка (буквально «сын» или «малый») по имени отца или его прозвищу. Основа здесь — Мацына, а уже от неё пошёл патроним.

Корень Мацын — это, скорее всего, уменьшительная форма от православного имени Матвей (в народном произношении Матвий, Мацей). В украинской традиции имя Матвей легко превращалось в Маць, Мацко, а потом и в Мацына — ласковое прозвище для ребёнка или взрослого. Альтернативная версия отсылает к польскому влиянию: Maciej (Мацей) давало такие же производные. Менее вероятно, но возможно, что в основе лежит прозвище от диалектного «мацать» — щупать, трогать, но для фамилии это звучит натянуто.

Географически фамилия Мацыненко чаще всего встречается в центральных и восточных областях Украины — Полтавская, Черкасская, Киевская губернии. В России она редка, но встречается в южных регионах, куда переселялись украинские крестьяне в XVIII–XIX веках (Кубань, Ставрополье). Сословно предки Мацыненко, скорее всего, были казаками или крестьянами: суффикс -енко в малороссийской среде был распространён именно среди этих групп, а не среди дворянства, которое чаще носило фамилии на -ский или -ов.

Словообразовательная модель простая: основа Мацын (от имени или прозвища) плюс типичный украинский суффикс -енко. Ударение в фамилии плавающее — в украинском варианте чаще на последний слог (Мацыненко́), в русском — на второй (Мацы́ненко). Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Маценко, Мацюк, Мацевич, — то Мацыненко выделяется именно редкой формой основы: не Мац, а Мацына, что говорит о конкретном прозвище первого носителя.