Фамилия Мацынина — женская форма, указывающая на происхождение от мужской фамилии Мацынин. В основе лежит прозвище или мирское имя Мацына. Это характерный случай, когда фамилия образована не от полного церковного имени, а от обиходного, уличного прозвища, и таких фамилий в русской среде — большинство.

Корень «Мац-» не относится к частотным, поэтому версий происхождения несколько, и ни одна не является однозначно доказанной. Первая и самая прямая: от глагола «мацать» — щупать, трогать руками. В южнорусских и украинских говорах «мацать» означает «ощупывать», «искать на ощупь». Прозвище Маца могли дать человеку с неловкими, «ощупывающими» движениями, либо тому, кто постоянно что-то искал, перебирал руками. Вторая версия — от диалектного «мац» или «маца» в значении «мать» (детское слово), но это скорее редкое исключение. Третья — от еврейского имени Мац (сокращение от Матитьягу), но фамилия Мацынина с суффиксом -ин(-а) — типично русская по модели, и в таком случае она была бы русифицированной формой, что в отдельных семьях возможно, но не является общим правилом.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мацынин — сын Мацыны, то есть человек из рода того, кого звали Мацына. Форма Мацынина — это жена или дочь Мацынина. Географически фамилия встречается в основном в центральных и южных областях России — там, где бытовали говоры с глаголом «мацать». Встречается также на Украине, где аналогичная фамилия могла писаться как Мацинин или Мациненко.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Мацы́нина, хотя в некоторых говорах возможно ударение на первый. Фамилия редкая, недворянская, её носители в большинстве своём — крестьяне или мещане, получившие фамилию по прозвищу предка. В дореволюционных переписях она не фиксируется как распространённая, что подтверждает её локальный, «гнездовой» характер.