Фамилия Мацукина — женская форма, а её мужской вариант, Мацукин, образован по типичной для русских фамилий модели: от основы через суффикс -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Мацукин — «сын Мацуки» или «человек из рода Мацукиных». Сама же основа, Мацука, — это разговорная или диалектная форма крестильного имени. Скорее всего, перед нами производное от Матвей (в просторечии Матюха, Мацуха) или от Матфей. В русских говорах имя Матвей нередко сокращали до Маця, Мацука, а суффикс -ук/-юк характерен для юго-западных земель (Украина, Белоруссия), откуда фамилия могла мигрировать в центральные области.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с польским словом maciek (уменьшительное от Мацей, аналог Матвея) или с диалектным глаголом «мацать» (щупать, трогать) — но прозвище Мацука в значении «тот, кто всё трогает» или «непоседа» встречается редко и не имеет устойчивой традиции. Ономастический словарь Б. Унбегауна относит фамилии с основой Мац- к группе, образованной от имён Матвей и Матфей, что делает эту этимологию основной.

Географически фамилия Мацукина встречается в основном в центральной России и Поволжье, что подтверждается данными современных телефонных справочников и архивов ЗАГС. В дореволюционных метрических книгах носители фамилии чаще всего записаны как крестьяне или мещане — сословия, где фамилии на -ин были особенно распространены. Примечательно, что ударение в фамилии может падать как на второй слог (Мацу́кина), так и на третий (Мацукина́), в зависимости от местной традиции произношения — это редкая деталь, отличающая её от более однородных однокоренных фамилий вроде Мацукова или Мацуева.

Таким образом, предок носительницы фамилии Мацукина, скорее всего, был человеком по имени Мацука — уменьшительная форма от Матвей, живший в южнорусских или белорусских землях, а затем переселившийся вглубь России. Фамилия не дворянская, но крепкая, бытовая, без претензий на аристократизм — типичная для русского простонародья, где имя отца становилось родовым знаком.