Фамилия Мацукин образована по самой распространённой в русском языке модели — с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Мацукин буквально значит «сын Мацуки» или «человек из рода Мацуки». В основе лежит личное имя или прозвище Мацука. Такая форма характерна для северных и центральных регионов России, где -ин был основным патронимическим суффиксом, в отличие от южных и западных земель, где чаще использовали -ов/-ев.

Корень «Мацук-» не имеет очевидной славянской этимологии, поэтому здесь стоит рассмотреть несколько версий. Первая и наиболее вероятная: имя Мацука — это уменьшительная форма от канонического имени Матфей (или его просторечного варианта Матвей). В русской народной традиции имена часто усекали и добавляли суффикс -ук/-юк: Матвей → Матя → Матюк → Мацук. Звук «ц» вместо «т» мог возникнуть под влиянием южнорусского или белорусского аканья и цоканья. В таком случае Мацукин — дальний родственник фамилий Матвеев, Матюхин и Матюков.

Вторая версия, менее распространённая, связывает фамилию с диалектным словом «мацук». В некоторых говорах так называли неуклюжего, мешковатого человека, реже — предмет домашней утвари вроде толстой палки или валика для теста. Прозвище Мацука могли дать медлительному или грузному человеку. Однако в письменных источниках это слово фиксируется редко, что делает данное объяснение менее надёжным.

Фамилия встречается в основном в центральной России и в Поволжье, особенно в Рязанской, Тамбовской и Нижегородской областях. Это косвенно подтверждает версию происхождения от Матвея: в этих регионах имя Матвей было очень популярно среди крестьян, а форма «Мацук» как раз характерна для местного говора. В дворянских родословных книгах фамилия не значится — её носители, скорее всего, были крестьянами или мещанами, получившими фамилию при переписях в XIX веке.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает уточнить картину. Мацуков, Мацукевич, Мацук — все они восходят к той же основе, но различаются суффиксами: -ов типичен для юга и востока, -евич — для запада (украинское или польское влияние). Мацукин стоит в этом ряду как типично великорусский вариант, закрепившийся на территории, где господствовал именно суффикс -ин.