Фамилия Матухина — это женская форма, а её мужской вариант — Матухин. В основе лежит простое и древнее имя или прозвище Матуха. Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Матухин — это, буквально, «сын Матухи» или «человек из рода Матухи».

Сам корень «мат-» в русских именах и прозвищах многозначен, и для фамилии Матухин есть две основные версии происхождения. Первая и самая вероятная — от уменьшительной формы одного из крестильных имён: Матвей (каноническое Матфей) или Матфий. В народной речи эти имена легко давали производные: Матуха, Матуня, Матуша. Если так, то предок носителя фамилии был человеком, которого в быту звали Матухой — ласково или сокращённо, как сегодня зовут Матвеями.

Вторая версия, менее распространённая, но не лишённая оснований, — прозвищная. В русских говорах слово «матуха» могло означать «матушка», «матка» (в хозяйственном смысле — самка-производительница) или даже «мать семейства». В этом случае прозвище Матуха могли дать либо заботливому, домовитому мужчине, которого сравнивали с матерью-кормилицей, либо, наоборот, человеку, который вёл хозяйство, «как матка в улье». Однако такая версия встречается реже: фамилии с суффиксом -ин чаще образуются от личных имён, а не от нарицательных слов.

Фамилия Матухин не относится к числу очень распространённых, но встречается в центральных и южных областях России, а также в Поволжье. Встречаются варианты написания с одной «т» (Матухин), что только подтверждает её народное, разговорное происхождение. В любом случае, корень фамилии — это древнее русское прозвище или имя, которое было в ходу у простых людей задолго до того, как закрепилось в документах.