Фамилия Матухов — одна из тех, чью основу проще всего понять, если заглянуть в календарь. В её основе лежит каноническое имя Матфей (в просторечии — Матвей), а точнее — его производная форма Матуха. Суффикс -ух- в русских именах и прозвищах часто носил оттенок фамильярности или принадлежности к простонародной среде: Петруха, Митюха, Ванюха. Матуха — это «Матвей» в бытовом, деревенском обиходе.

Фамилия образовалась по стандартной модели того же ряда: от прозвища Матух с помощью притяжательного суффикса -ов. Матухов буквально означает «сын Матуха» или «потомок Матуха». Такая схема — одна из самых распространённых в русской фамильной системе, поэтому Матуховы, скорее всего, не связаны с каким-то одним родом, а возникали независимо в разных местах, где жил человек с прозвищем Матух.

Интересно, что в некоторых говорах слово «матух» могло иметь и самостоятельное значение — так называли мать или матушку, иногда в ироничном смысле, но это лишь возможное совпадение. Основная версия всё же ведёт к имени Матвей. В пользу этого говорит и целое гнездо родственных фамилий: Матвеев, Матюхин, Матюшев, Матушкин. Матухов в этом ряду стоит ближе всего к Матюхину — разница лишь в огласовке суффикса.

Фамилия встречается не повсеместно, а тяготеет к южнорусским и среднерусским областям. Можно предположить, что её носители — потомки крестьян или посадских людей, так как в дворянской среде предпочитали более книжные формы имени, вроде Матвеев. Никаких громких исторических личностей с этой фамилией в открытых источниках не значится, что только подтверждает её народное, «низовое» происхождение.