Фамилия Матюхин в своей основе почти наверняка связана с крестильным именем Матвей. В переводе с древнееврейского оно означает «дар Бога» (от mattityāhu — «дар Яхве»), хотя в народе закрепился и более простой перевод — «человек Божий». В основу фамилии легла уменьшительная форма имени — Матюха. Так в старину звали Матвея в быту, и потомки человека с таким именем постепенно стали писаться Матюхиными. Это самая распространенная и правдоподобная версия, подтверждающаяся типовой русской моделью образования фамилий через суффикс -ин, который указывает на принадлежность: Матюхин — сын Матюхи.

Однако у этой фамилии есть и другие, менее очевидные толкования, которые стоит рассматривать с осторожностью. Одна из гипотез выводит прозвище Матюха от слова «мать». Производная форма «матюха» встречается преимущественно в архангельских говорах, где так могли назвать человека, которого воспитывала одна мать, без отца. С этим же корнем связано слово «матуха», которое в некоторых диалектах означало болезнь, хворь. Если принять эту версию, прозвище Матюха мог носить человек со слабым здоровьем. Впрочем, не исключено, что такое прозвище выполняло охранительную функцию и использовалось как оберег: родители нарочно называли ребенка «болезненным» словом, чтобы отвести от него настоящие напасти.

Есть и совсем экзотическая версия, которая относит фамилию к числу географических. Она связывает прозвище Матюха с рекой Мама на юге Восточной Сибири. Согласно этой гипотезе, прозвище мог получить тот, кто долго жил на берегу этой реки или в ближайшей местности. Но эта версия выглядит натянутой: слишком велик разрыв между названием сибирской реки и русским именем Матюха, которое было широко распространено задолго до освоения тех краев. Поэтому лингвисты обычно отдают предпочтение именной основе.

Исторические документы подтверждают, что фамилия бытовала в разных уголках России. В Книге памяти Смоленской области внесен Матюхин Аверьян Захарович, родившийся в 1898 году в деревне Ровни Ершичского района. В Книге памяти Омской области упоминается Матюхин Агафон Иванович (р. 1901) из города Омск. В Книге памяти Орловской области записан Матюхин Александр Васильевич (р. 1914), проживавший в Свердловском районе. Эти записи показывают, что фамилия не была привязана к одному региону и встречалась и на западе страны, и за Уралом.

Среди известных носителей фамилии выделяется Матюхин Владимир Георгиевич (род. в 1945 году) — государственный и военный деятель, генерал армии. Он доктор технических наук, действительный член Академии криптографии РФ, Российской академии инженерных наук и Международной академии связи, лауреат Государственной премии РФ. Его карьера — редкий пример того, как фамилия с крестьянскими корнями зазвучала в высших эшелонах власти.

Таким образом, Матюхин — фамилия с прозрачной этимологией, восходящая к имени Матвей, но с несколькими побочными народными трактовками, которые добавляют ей глубины и регионального колорита.