Фамилия Матюхина образована от прозвища Матюха, и в её основе лежит несколько разных, порой неожиданных, версий. Самая распространённая связывает прозвище со словом «мать»: производная форма «матюха» встречается преимущественно в архангельских говорах. Так могли назвать человека, которого воспитывала одна мать, без отца. Эта версия выглядит правдоподобной хотя бы потому, что в северных русских говорах слово действительно фиксируется, а модель «прозвище по семейному положению» для русской ономастики обычна.

Вторая версия уводит нас в географию, причём довольно далёкую. Дело в том, что Мама — это река на юге Восточной Сибири, приток Витима. Прозвище Матюха, по этой логике, мог получить человек, долго живший на её берегах или в окрестностях. Версия соблазнительная, но стоит помнить: фамилия Матюхин (и женская форма Матюхина) встречается по всей России, а не только в Сибири, поэтому для большинства носителей связь с сибирской рекой, скорее всего, ни при чём.

Третья версия отталкивается от слова «матуха». В некоторых диалектах так называли болезненного, слабого человека. Соответственно, прозвище Матюха могло закрепиться за тем, кто часто хворал. Эта гипотеза менее известна, но имеет право на существование, хотя и уступает первой по распространённости.

Наконец, нельзя исключать и украинский след. В украинском языке есть слово «матюк» — ругательство, матерное выражение. Тогда Матюхой могли прозвать любителя крепко выругаться, человека, который постоянно бранился. Эта версия тоже не лишена оснований, но в русском контексте она работает хуже: фамилия Матюхин фиксируется в центральных и северных регионах России, где украинское влияние было минимальным.

Если взвесить все варианты, самым вероятным остаётся первый: прозвище от слова «мать» в значении «маменькин сынок» или «воспитанный одной матерью». Суффикс -их- в основе прозвища типичен для русских именований, а фамильный суффикс -ин указывает на принадлежность: Матюхина — дочь или жена Матюхи. Со временем прозвище закрепилось как фамилия и передалось потомкам.