Фамилия Матюхтна — редкий и, скорее всего, искажённый вариант написания. В русской ономастике нет устоявшейся фамилии с таким окончанием. С большой вероятностью, перед нами опечатка или диалектное произношение более распространённой фамилии Матюхтин или Матюхин. Если это не ошибка переписчика, то корень здесь — «Матюх-», восходящий к краткой форме имени Матвей (Матя, Матюха, Матюша). В таком случае фамилия образована по модели притяжательных прилагательных с суффиксом -ин (в ответ на вопрос «чей?» — «сын Матюхи»), но аномальное окончание «-тна» вместо «-тина» указывает на возможное переосмысление или усечение в устной речи.

Разберём словообразовательную модель. Если отбросить конечное «-тна», основа «Матюх» — это древнерусское прозвищное имя. Имя Матвей (древнееврейское «дар Яхве») в народной среде давало множество производных: Матюха, Матюня, Матюша. Фамилии Матюхин, Матюшкин, Матюнин — обычные для России. Вариант Матюхтна мог возникнуть в результате так называемой «гаплологии» — выпадения слога при склонении: в родительном падеже «Матюхтина» (кого?) произносили как «Матюхтна», и это закрепилось в документах. Либо это просто ошибка писаря, который записал фамилию на слух, не разобрав окончания.

Географически фамилии с корнем «Матюх-» встречаются повсеместно в центральной России, на Урале и в Сибири, но именно форма Матюхтна нигде не фиксируется как массовая. Возможно, она бытовала в одной конкретной местности (например, в старообрядческих сёлах или в глухих деревнях Архангельской губернии), где диалектные особенности речи искажали привычные суффиксы.

Если же отбросить версию об ошибке, остаётся ещё один, менее вероятный путь: основа могла быть не от имени, а от прозвища «Матюха» (в значении «неуклюжий, медлительный человек» — от глагола «матюкаться»? Но это сомнительно, так как связь с ругательством вторична). В любом случае, фамилия Матюхтна — это не «фамилия-загадка», а скорее «фамилия-испорченный телефон». Её носителям стоит проверить дореволюционные метрические книги: скорее всего, предки писались как Матюхтины или Матюхины, а современное написание — результат упрощения или канцелярской оплошности.