Фамилия Матюхова образована от уменьшительной формы крестильного имени Матвей — Матюхо. В переводе с древнееврейского Матвей означает «человек Божий» (дар Яхве), но в народном быту это имя давало десятки ласковых и обиходных вариантов: Матюха, Матюша, Матюня. Форма Матюхо с конечным -о типична для севернорусских и сибирских говоров, где так строили обиходные имена (Петро, Вано, Мико). Именно от этого простонародного варианта и пошла фамилия.

Скорее всего, основатель рода Матюховых был человеком из простого сословия. В среде крестьян и посадских людей полное имя использовали редко — в быту звали кратко и по-свойски. Поэтому фамилии на -ох/-ах (Матюхов, Матюхин, Матюшин) чаще всего носили семьи, где предок не принадлежал к дворянству или духовенству, а был рядовым общинником. Суффикс -ов в фамилии указывает на принадлежность: потомок человека, которого звали Матюхо, со временем получил фамилию Матюхова.

Однокоренные фамилии Матюхин, Матюшенко, Матвеев, Матюшкин образуют целое гнездо. Все они восходят к одному имени, но различаются по региональной модели. Матюхов — форма с характерным северным или вятским оттенком, тогда как Матюхин чаще встречается в среднерусских областях. В переписных книгах XVII века такие фамилии фиксировались у крестьян и стрельцов, что подтверждает: родоначальник не был знатным, но имя его носили уважительно, передавая из поколения в поколение.