Фамилия Матюховский образована от имени Матюхо — просторечной формы канонического имени Матвей. В переводе с древнееврейского оно означает «дарованный Богом», а сам Матвей почитается как Новоторжский чудотворец и один из первых подвижников русского монашества. Имя это на Руси было распространённым, что и породило множество производных форм, включая Матюху.

Словообразовательная модель здесь — отчество второго порядка. Сначала от имени Матюхо возникло отчество Матюхов, которое закрепилось за сыном. Затем его потомок, то есть внук Матюхи, получил фамилию Матюховский. Такой тип фамилий с суффиксом -ский характерен для украинско-белорусских земель и юга России, где он указывал не на дворянское происхождение, а на географическую или семейную принадлежность. В данном случае суффикс -ский работает не как маркер шляхетства, а как способ обозначить «сына Матюхова».

Скорее всего, основатель рода Матюховских был человеком из простого сословия. Об этом говорит сама основа фамилии: Матюхо — народная, обиходная форма, а не книжная. Такие имена чаще фиксировались у крестьян, посадских людей и казаков, а не у знати, которая предпочитала полные формы в официальных документах.

Встречаемость фамилии невысокая, что типично для отчеств второго порядка, не переросших в массовые родовые имена. В документах XIX века Матюховские могли писаться и как Матюховы, и как Матюховские — в зависимости от того, где жила семья и как записывали при переписи. Сама фамилия сохранила память о конкретном человеке по имени Матюхо, который жил несколько веков назад, и через цепочку «внук — сын — отец» передала её нам.