Фамилия Мажукин образована от прозвища Мажука. Самая убедительная версия связывает это прозвище со словом «мажа» — так в южных и центральных областях России называли чумацкую телегу, воз, а также меру веса или объема, равную вместимости такой телеги. Скорее всего, прозвище Мажука получил человек, который занимался извозом на такой телеге, был чумаком или возчиком. Модель образования проста: к основе Мажук- добавлен типичный русский фамильный суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Мажуки).

Существует и другая, менее правдоподобная версия — от глагола «мазать». В этом случае Мажукой могли в насмешку назвать плохого, бездарного художника или просто неаккуратного, неопрятного человека. Однако связь с «мажой» выглядит предпочтительнее, поскольку слово «мажа» — конкретное, бытовое, хорошо документированное в говорах, а прозвища от названий повозок и ремёсел встречаются в русской ономастике гораздо чаще, чем отвлечённые характеристики.

Фамилия Мажукин — относительно редкая. Её география тяготеет к южнорусским и украинским территориям, где было распространено чумачество. Встречаются однокоренные фамилии: Мажуга, Мажников, Мажеров — все они восходят к тому же корню, но с разными суффиксами. Таким образом, предок носителей фамилии Мажукин с высокой вероятностью был извозчиком, перевозившим грузы на большой телеге-маже.