Фамилия Мажукина образована от прозвища Мажука. В основе, скорее всего, лежит слово «мажа» — так в южных и центральных губерниях России называли чумацкую телегу или воз, а также меру веса, равную вместимости такой телеги. Чумаки — это торговцы и извозчики, которые на больших телегах-мажах возили соль, рыбу и другие товары. Прозвище Мажука могли дать либо самому извозчику, либо человеку, который владел такой телегой или отличался дородностью, «грузностью».

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мажукина — «дочь или жена Мажуки». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а, -я. В мужском варианте фамилия звучала бы как Мажукин.

Существует и другая версия, менее правдоподобная, — от глагола «мазать». В этом случае Мажукой в насмешку называли плохого художника-маляра или просто неопрятного, неаккуратного человека. Однако связь с чумацким обозом выглядит убедительнее: слово «мажа» было широко распространено в говорах, а прозвища по роду занятий — один из самых древних и естественных источников фамилий.

Фамилия Мажукина редкая и имеет ярко выраженную южнорусскую окраску — её корни уходят в регионы, где чумачество было привычным промыслом.