Фамилия Мажуковский — типичный пример фамилии, образованной от географического названия с помощью суффикса -ский. Такая модель была особенно распространена в шляхетской среде Речи Посполитой и среди духовенства, но встречалась и у крестьян, переселявшихся из одной местности в другую. Основа фамилии — топоним Мажуково или Мажуков, и таких названий в исторических документах Восточной Европы известно несколько. Чаще всего они связаны с литовским или балтским корнем «маж» — «малый» (ср. лит. mažas), то есть Мажуково могло означать «малое селение» или «усадьба некоего Мажиса». В белорусских и польских землях встречаются деревни с похожими названиями, например, Мажуки или Мажуковичи.

Словообразовательный разбор прост: к основе Мажук- (от названия поселения или прозвища) добавился суффис -ов-, а затем типичный для фамилий дворянского и мещанского сословий суффикс -ский. Впрочем, не исключён и другой путь: фамилия могла возникнуть от прозвища Мажук — так в некоторых говорах называли человека, который мажет, пачкает, или же того, кто занимался смазкой колёс, телег (от глагола «мазать»). В этом случае суффикс -овский указывал бы на принадлежность: «сын Мажука» или «из рода Мажуков».

Географически фамилия Мажуковский тяготеет к западнорусским землям: Беларуси, Смоленщине, отчасти Украине. В ревизских сказках XIX века её носители встречаются среди мещан и однодворцев — потомков служилых людей, которые после разделов Речи Посполитой оказались в составе Российской империи. Сословная принадлежность могла быть разной: от мелкой шляхты, владевшей хутором Мажуково, до крестьян, взявших фамилию по месту жительства.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Мажуга, Мажукин, Мажуков — показывает, что Мажуковский стоит особняком: суффикс -ский придаёт ей более «официальный» и книжный оттенок, чем, скажем, у Мажукова. В современных телефонных справочниках и базах данных фамилия встречается редко, что говорит о её локальном происхождении: скорее всего, все Мажуковские — потомки одной или нескольких родственных семей из одного региона.