Фамилия Медакин образована от прозвища или имени Медака. Основа фамилии — слово «медак», которое в русских говорах имело два основных значения. Первое — уменьшительное от «медведь» (медвежонок, медведка), второе — «медяк», то есть медная монета, грош. В обоих случаях фамилия относится к типичным русским фамилиям на -ин, образованным от основ на -а/-я: Медака → Медакин.

Самый вероятный источник фамилии — прозвище, данное человеку за сходство с медведем: неуклюжий, сильный, косолапый. Медведь в русской традиции — фигура двойственная: его уважали, но и побаивались, поэтому прозвище Медведь (и его варианты) давали нередко. Суффикс -ак в слове «медак» указывает на разговорную, простонародную форму, характерную для северных и сибирских говоров. Там же, в северных областях, фамилия Медакин встречается чаще всего — в Архангельской, Вологодской губерниях, а также на Урале.

Менее вероятна, но возможна версия о происхождении от прозвища Медак в значении «медяк, медный грош». Такое прозвище могли дать человеку невысокого роста, небогатому или, наоборот, тому, кто торговал медью. Однако в ономастических работах (например, в словаре Б. Унбегауна) фамилии на -ак от названий монет встречаются редко, а медвежья тема в русских фамилиях гораздо продуктивнее.

Фамилия Медакин — редкая, её носители не составляют многочисленных родов. В дореволюционных переписях она фиксируется в основном среди крестьян и мещан. Дворянских ветвей с такой фамилией нет. По суффиксу -ин фамилия принадлежит к древнейшему пласту русских патронимических фамилий — тем, что закрепились ещё в XVI–XVII веках, когда фамилии образовывали от прозвищ прямых предков.