Фамилия Медко — редкий пример того, как фамилия сохранила древнюю уменьшительную форму имени, почти исчезнувшую из живого языка. Вопреки первому впечатлению, корень здесь, скорее всего, не «мёд», а имя Медко — краткая форма от славянского имени Медея или Миодей. В старину такие имена, как Медко, Медей, Медим, встречались в новгородских и псковских землях. Ономасты (в частности, словарь С. Б. Веселовского) фиксируют, что в XV–XVI веках Медко было полноценным нецерковным именем-прозвищем, которое давали ребёнку по языческому обычаю — от слова «медный», то есть крепкий, твёрдый, или же от «медь» как символа ценности.

Фамилия образована по простейшей модели: основа Медк- плюс нулевой суффикс (типичное окончание для прозвищ и имён, перешедших в фамилии без добавления -ов/-ев). Такое оформление — без фамильного суффикса — характерно для украинских и белорусских фамилий, а также для некоторых южнорусских. В русской традиции фамилии на -ко (Медко, Грицко, Иванко) чаще всего встречаются на западе и юге: в Смоленской, Брянской, Черниговской областях, а также в Беларуси. Если бы фамилия произошла от слова «мёд», то её форма была бы Медков или Медкин, а не Медко.

Вторая, менее вероятная версия — что Медко происходит от прозвища Медок, которое давали сладкоежке или пасечнику. Однако в этом случае мы бы ожидали суффикс -ок, а не -к, и фамилия писалась бы как Медок. Но в говорах северо-запада России «медко» могло означать «мелко» (от диалектного «медкий» — мелкий), и тогда фамилия — прозвище невысокого человека. Это редкая гипотеза, но она объясняет, почему фамилия не стала Медков.

Сегодня носители фамилии Медко встречаются в основном в Беларуси, на западе России и в Украине. Статистика показывает, что это одна из тех фамилий, которые почти не вышли за пределы своего исторического ареала — её носителей можно пересчитать по пальцам в Москве или Петербурге. Известных исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано, что только подтверждает её сугубо крестьянское происхождение: она осталась локальной, не попала в дворянские родословные книги.