Фамилия Меднякова образована от прозвища или мирского имени Медняк. В основе лежит слово «медный» или «медь». Скорее всего, так называли человека, имевшего дело с медью: медника, котельщика, мастера по изготовлению медной посуды или торговца этим металлом. На Руси медники были востребованы — они делали самовары, котлы, оклады для икон, поэтому прозвище могло закрепиться за целым родом ремесленников.

Модель образования типична для северных и центральных русских говоров. Суффикс -як в прозвищах указывал на человека по характерному признаку или занятию: Рыбак, Глушняк, Медняк. Фамилия Медняков (женская форма Меднякова) возникла как притяжательное прилагательное, отвечающее на вопрос «чей?» — сын Медняка, потомок Медняка.

Есть и менее вероятная, но возможная версия: связь с топонимом. В России встречаются деревни с названиями Медное, Медняки. Переселенец из такого места мог получить прозвище Медняк, а затем и фамилию. Однако для этой фамилии ремесленная версия выглядит убедительнее — медное дело было распространено шире, чем редкие географические названия.

Фамилия не принадлежит к числу дворянских или широко известных. Её носители — преимущественно крестьяне и мещане из центральных губерний России. Встречается она и сегодня, но без ярко выраженной региональной концентрации. В написании возможны варианты с одной «н» (Медяков), но форма Медняков с двойным «н» и суффиксом -як более архаична и точнее передаёт исходное прозвище.