Фамилия Мелита — редкий случай, когда внешне простая основа таит в себе неочевидное происхождение. В русской ономастике фамилии на -ита обычно не исконные, а заимствованные или искусственные. Самое прямое объяснение: фамилия образована от женского имени Мелита. В античной мифологии Мелита — одна из нереид, а в христианском календаре есть святая Мелита (Мелитина). Имя греческого корня, от «мели» — мёд. То есть Мелита буквально значит «медовая», «сладкая». В этом случае фамилия могла быть дана по имени матери или жены (матримониальная модель), что для русских фамилий встречается реже, чем отчества, но всё же возможно, особенно если женщина была вдовой или главой семьи.

Есть и вторая версия, более прозаическая. В некоторых говорах «мелита» могло быть прозвищем болтливого человека, от глагола «мелить» — молоть вздор, говорить пустое. Однако эта версия слабее: глагол «мелить» в таком значении редок и диалектен, а прозвища на -ита для русской традиции нетипичны. Куда вероятнее, что фамилия не славянская, а принесённая из других культур. Например, в итальянском и испанском языках Мелита — топоним (остров Мелита, древнее название Мальты) и личное имя. В XIX веке в России могли давать фамилии по названиям греческих островов или античным именам выпускникам духовных семинарий — это была распространённая практика искусственных фамилий.

Особенность фамилии Мелита в том, что она не склоняется по падежам как типичная русская фамилия (мужская — Мелита, женская — Мелита), что выдаёт её позднее или иноязычное происхождение. Встречается она в основном в городской среде, среди потомков духовенства или в семьях с греческими, итальянскими корнями. Поиск по современным базам показывает единичные случаи в центральной России и на юге, что подтверждает её штучный, не массовый характер.