Фамилия Менишов — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с физической или речевой особенностью. Её ядро — слово «меня» или «меняка», которое в русских говорах означало заику, человека с запинкой в речи. Такое прозвище могли дать не в насмешку, а как бытовую метку: «Меня» — тот, кто говорит с трудом, тянет или повторяет слоги. От этого прозвища через притяжательный суффикс -ов и образовалась фамилия: Мениш — сын Мени, то есть сын заики, а Менишов — уже его потомок.

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую модель фамилий, которая закрепилась в XVI–XVII веках у крестьян и посадских людей. Форма «Менишов» (а не «Меняков» или «Меняев») говорит о том, что исходное прозвище звучало как «Мениш» — возможно, через смягчение или под влиянием местного говора. Сравните с фамилиями Заикин, Шептунов, Гугнивый — все они из той же семантической группы, где прозвище указывало на дефект речи, но Менишов стоит особняком: корень «мен-» в этом значении почти не встречается в других русских фамилиях.

Альтернативная версия, что основа восходит к личному имени Меня (уменьшительное от Менахем или Мануил), маловероятна. Такие имена были редки у русских крестьян, а прозвище «Меня» со значением «заика» зафиксировано в словарях русских народных говоров. Кроме того, фамилия не имеет характерных следов иноязычного влияния — ни тюркского, ни финно-угорского корня.

Географически Менишовы встречаются в основном в центральных и северных областях России — в Вологодской, Костромской, Кировской землях. Это зона, где диалектное слово «меня» было в ходу. Сословно — скорее всего, крестьянский род: такие фамилии редко поднимались выше мещанства или духовенства, хотя точных данных о дворянских ветвях нет. В современных базах фамилия остаётся малочисленной, что делает её ценной для локальной генеалогии.