Фамилия Меншутина образована от мирского имени или прозвища Меншута, которое восходит к прилагательному «меньший», то есть «маленький». Чаще всего Меншутой называли младшего ребенка в семье: в традиционной русской системе именований детей нередко различали по старшинству, и имя «Меньшой» или его производные закреплялось за тем, кто родился позже остальных. Вторая гипотеза связывает основу с прозвищем невысокого, миниатюрного человека — такое имя могли дать взрослому, если он выделялся небольшим ростом. Обе версии сходятся в одном: в основе лежит не церковное календарное имя, а обиходное, внутрисемейное, что типично для русских фамилий, сложившихся в крестьянской и посадской среде.

Формант «-ут» в имени Меншута — характерный для древнерусской народной ономастики ласкательно-уменьшительный суффикс, который встречается и в других именах той же модели, например Меншук, Меньшик. От этих параллельных форм позже возникли фамилии Меньшутин, Меньшиков, Меншутин. Написание Меншутина с одной буквой «ь» в корне — результат более позднего упрощения: звук смягчался, но на письме обозначение мягкости часто опускали, особенно в документах XIX–XX веков. Поэтому фамилии Меншутин и Меньшутин — не разные по происхождению, а варианты одного имени.

Фамилия фиксируется преимущественно в северных и центральных русских регионах, где мирские имена с суффиксом «-ут» были особенно распространены. Среди носителей фамилии — Евгений Петрович Меншутин (1922–1978), Герой Советского Союза. Его биография подтверждает, что фамилия бытовала в советскую эпоху и сохранилась до наших дней. Потомок человека по имени Меншута, независимо от того, был ли тот младшим сыном или просто человеком невысокого роста, со временем получил фамилию Меншутина, и сегодня она продолжает нести память о прозвище, данному предку несколько столетий назад.