Фамилия Меньшутин образована от мирского имени Меньшута, которое восходит к прилагательному «меньший», то есть «маленький». Чаще всего так называли младшего ребенка в семье — того, кто родился последним и оставался «меньшим» среди братьев и сестер. В этом значении имя несло не столько характеристику внешности, сколько указание на место в семейной иерархии: на Руси младших детей нередко называли Меньшиками, Меньшутой, Меньшаком, чтобы отделить их от старших наследников.

Существует и вторая версия, менее распространенная: Меньшутой могли прозвать невысокого, миниатюрного человека. Эта гипотеза имеет право на жизнь, но выглядит слабее первой. В русской ономастике имена и прозвища от корня «меньш-» почти всегда указывали на порядок рождения, а не на рост. Если бы речь шла о внешности, скорее использовали бы слова «малый», «малыш», «коротыш», а не форму с суффиксом -ут-, которая в народной традиции закрепилась именно за младшими детьми.

Сама модель образования фамилии типична для северорусских и центральнорусских говоров. Суффикс -ин присоединялся к основам на -а, поэтому от имени Меньшута закономерно появился Меньшутин, то есть «сын Меньшуты». Аналогично строились фамилии Меньшиков, Меньшагин, Меньшаков — все они происходят от того же корня и различаются лишь уменьшительными формами имени.

Интересно, что фамилия Меньшутин встречается реже, чем ее «родственники» Меньшиков или Меньшаков. Это объясняется тем, что форма Меньшута была менее употребительной, чем Меньшик или Меньшак. В документах XVII–XVIII веков носители имени Меньшута фиксируются в основном в северных уездах, где мирские имена держались дольше, чем в центральных областях, уже перешедших на календарные церковные имена.

Крестьянская среда, где фамилии закреплялись позже, чем у дворянства, дала основную массу Меньшутиных. Потомок человека по имени Меньшута со временем получал фамилию Меньшутин, и она переходила из поколения в поколение. Сегодня она остается редкой, но вполне узнаваемой: ее носители разбросаны по разным регионам России, что типично для фамилий, возникших из мирских имен в допетровскую эпоху.