Основой фамилии Меньшутин послужило мирское имя Меньшута. Мирское имя Меньшута восходит к прилагательному «меньший», то есть «маленький». Вероятно, Меньшутой назвали младшего ребенка в семье. Согласно другой гипотезе, в основе фамилии Меньшутин лежит не мирское имя, а прозвище Меньшута - так могли окрестить невысокого, миниатюрного человека. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Меньшута, со временем получил фамилию Меньшутин.