Фамилия Меньшутина образована от мирского имени Меньшута, которое восходит к прилагательному «меньший», то есть «маленький». Чаще всего так называли младшего ребенка в семье: в традиционной русской семье, где детей было много, порядковое положение определяло прозвище на всю жизнь. Меньшой, Меньшик, Меньшута — все эти имена фиксируются в старинных документах как личные, а не фамильные прозвища.

Мирские имена, в отличие от крестильных, давали не при крещении, а в быту — чтобы отличить человека среди родни и односельчан. Они не имели отношения к церковному календарю и часто отражали внешность, характер или место в семье. Имя Меньшута стоит в одном ряду с такими именами, как Первуша (первый ребенок), Вторуша, Третьяк, а также Большак или Старшой. По сути, это ласкательная форма от «меньший» с суффиксом -ут-, который придавал имени оттенок уменьшительности и принадлежности к младшему возрасту.

Существует и вторая версия происхождения. Согласно ей, Меньшута — не мирское имя, а прозвище, которое закрепилось за невысоким, миниатюрным человеком. Такое прозвище могли дать взрослому мужчине небольшого роста, и оно постепенно перешло к его детям. Обе гипотезы правдоподобны, но первая выглядит убедительнее: в русской ономастике имена, указывающие на старшинство или младшинство среди братьев, встречаются значительно чаще, чем прозвища по росту. К тому же форма с суффиксом -ут- типична именно для личных мирских имен, а не для бытовых прозвищ.

Фамилия Меньшутин, от которой образована женская форма Меньшутина, относится к распространенному типу русских фамилий на -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Меньшутин означает «сын Меньшуты», «ребенок Меньшуты». Такой тип фамилий чаще встречался в северных и центральных русских землях, тогда как на юге и западе предпочитали суффикс -ов/-ев.

Со временем фамилия закрепилась за потомками человека по имени Меньшута. Если в XVII–XVIII веках она еще могла писаться как Меньшутин или Меншутин — с одной или двумя буквами «н», — то к XIX веку написание стабилизировалось. Встречающийся вариант Меншутин (без мягкого знака) отражает произносительную норму: в разговорной речи сочетание «ньш» часто упрощалось. Путаница с буквой «е» и «ё» тоже возможна: в старых документах писали «Меньшутинъ», а ударение в разных семьях могло падать как на первый, так и на второй слог.

Родственные фамилии — Меньшиков, Меньшов, Меньшагин, Меньшаков. Все они образованы от тех же корней: «меньший», «меньшой», «меньшак». Но если Меньшиков и Меньшов распространены широко, то Меньшутин встречается заметно реже, что делает его более локальным и узнаваемым. По сути, носитель фамилии Меньшутина может с высокой долей уверенности сказать, что его предок был младшим сыном — или, что менее вероятно, человеком небольшого роста, которого так прозвали в округе.