Фамилия Меньшутин — это классический пример русской «полуотческой» фамилии, образованной от мирского имени или прозвища Меньшута. В её основе лежит прилагательное «меньший», то есть «маленький». Чаще всего так называли младшего ребёнка в семье — того, кто родился последним и оставался «меньшаком» или «меньшутой» для родителей и старших братьев и сестёр. В старой русской семье, где детей было много, подобные имена-порядковые были не редкостью: наряду с Меньшутой встречались Первуша, Вторак, Третьяк и другие, фиксирующие место человека в иерархии родства.

Словообразовательная модель здесь прозрачна и типична для XV–XVII веков. Суффикс -ут- придавал имени ласкательный, уменьшительный оттенок, а конечное -а делало его полноценным обиходным именем. От формы Меньшута путём притяжательного суффикса -ин и возникла фамилия, отвечающая на вопрос «чей ты будешь?»: Меньшутин сын, внук или племянник. Такой тип фамилий историки ономастики, включая Б. Унбегауна, относят к древнейшему пласту русских родовых имён, закрепившемуся ещё до массового распространения дворянских фамилий на -ов/-ев.

Существует и вторая версия происхождения основы, менее распространённая, но вполне жизнеспособная. Согласно ей, Меньшутой могли прозвать не по старшинству, а по внешности — невысокого, миниатюрного, щуплого человека. В говорах слово «меньшой» нередко означало именно «маленький ростом», поэтому прозвище могло закрепиться за взрослым мужчиной и перейти к его детям уже как родовое имя. Обе гипотезы не противоречат друг другу: в каждом конкретном случае предок мог получить своё имя и по возрасту, и по комплекции, а фамилия в итоге всё равно указывала на одного из «меньших» — младших или малорослых.

Интересно, что фамилия Меньшутин не единственная в этом гнезде. Однокоренные Меньшиковы, Меньшовы, Меньшагины и Меньшаковы произошли от тех же основ, но с разными суффиксами. Это говорит о широкой популярности корня в народной среде: имя Меньшик, Меньшак или Меньшута бытовало в разных регионах России независимо друг от друга. Поэтому точную географию возникновения конкретной ветви Меньшутиных установить сложно — процесс шёл параллельно во многих местах, и фамилия могла появиться одновременно в нескольких уездах.

По своему социальному происхождению Меньшутины, скорее всего, крестьянский или посадский род. Фамилии на -ин в массе своей закреплялись за простыми людьми — земледельцами, ремесленниками, служилыми людьми «по прибору», тогда как дворянские роды чаще оформлялись через -ов/-ев. В документах XVII–XVIII веков Меньшутины встречаются среди крестьян северных и центральных губерний, хотя отдельные ветви могли подниматься и в купечество.

Сегодня фамилия остаётся довольно редкой, но устойчивой. Она не утратила связи с исходным смыслом: любой носитель фамилии может объяснить, что его предок был «меньшим» — будь то самый младший сын в большой семье или человек невысокого роста. В этом и заключается ценность таких родовых имён: они сохранили живую деталь быта и семейного уклада, которая иначе затерялась бы в веках.