Фамилия Меньшуткин образована от прозвища или нецерковного имени Меньшутка. В основе лежит слово «меньшой» — так в Древней Руси называли младшего сына, младшего в семье или просто человека невысокого роста. Суффикс -утк- (как в словах «малютка», «мамутка») придаёт слову ласкательный, уменьшительный оттенок. Таким образом, Меньшутка — это «самый младшенький», «малыш». Фамилия Меньшуткин означает «сын Меньшутки» и относится к типичным русским фамилиям на -ин, которые образовывались от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а, -я.

Интересно, что фамилия Меньшуткин не так частотна, как её «старший брат» Меньшиков. Обе образованы от одной основы, но через разные суффиксы. Меньшиков — от Меньшик, а Меньшуткин — от Меньшутка. Уменьшительное Меньшутка звучит более ласково, почти по-домашнему, что может указывать на то, что предок носителя фамилии был младшим и любимым ребёнком в семье.

Географически фамилия Меньшуткин зафиксирована преимущественно в центральных и северных регионах России, особенно в Вологодской, Архангельской и Костромской областях. Это косвенно подтверждает её севернорусское происхождение: именно там были распространены нецерковные имена, образованные от порядковых числительных или слов, указывающих на возраст (Первой, Второй, Меньшой). В сословном плане носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, так как дворянские роды с такой фамилией не известны.

В ономастической литературе фамилия Меньшуткин не получила столь широкого освещения, как, например, фамилии от канонических имён. Однако она прекрасно иллюстрирует древнерусскую традицию называть детей не по святцам, а по их положению в семье. Такое имя-прозвище нередко закреплялось за человеком на всю жизнь и переходило к потомкам уже в виде фамилии.