Фамилия Меньшинин — одна из тех, где на слух угадывается связь с «меньшим», но природа этой связи не так прозрачна, как кажется. В ней работает редкий словообразовательный ход: основа Меньш- плюс двойной суффикс -ин-ин. Такая модель встречается нечасто и обычно указывает на две вещи: либо на происхождение от прозвища через притяжательное прилагательное с последующим добавлением второго патронимического суффикса (как в фамилиях Сысолинин, Фомин — от «Сысоля», «Фома» с двойным -ин), либо на стяжение из формы «Меньшининъ» (отчество от прозвища Меньшина). В любом случае, ядро фамилии — древнерусское прозвище Меньша, Меньшина, которое давали младшему сыну, младшему брату или просто человеку невысокого роста. В старину, когда семьи были многодетными, различение «большак — меньшак» было бытовой нормой, и прозвище Меньша фиксируется в документах уже с XV века.

По суффиксу -ин фамилия относится к северному и центральному типам — такие фамилии массово образовывались в Новгородской, Вологодской, Архангельской, Костромской и Вятской землях. Географически Меньшинины встречаются в основном в Поволжье и на Русском Севере, что подтверждается данными переписей XIX века: много носителей в Вятской губернии (нынешняя Кировская область) и в Пермской губернии. Это не случайно — именно там приживались патронимы на -ин от прозвищ, а не от крестильных имён.

Важно отличать Меньшинина от внешне похожей фамилии Меньшиков. Меньшиков образован по суффиксу -ов, который характерен для южных и восточных регионов, и идёт от прозвища Меньшик — уменьшительной формы от Меньша. Меньшинин же, с двойным -ин, скорее всего, сохранил более архаичную, «северную» форму отчества: Меньшина — сын Меньши, то есть «Меньшинин». В писцовых книгах XVI–XVII веков встречаются записи вроде «Ивашко Меньшинин сын», где отчество ещё не застыло в фамилию, а лишь указывало на родство.

Сословный состав у Меньшининых был пёстрым: и крестьяне, и мещане, и купцы. В XIX веке в Вятской губернии фиксируются крестьяне Меньшинины, а в Перми — купеческая семья, торговавшая хлебом. Но никаких громких исторических личностей с этой фамилией не известно, что типично для «простых» патронимических фамилий: их носили обычные люди, и ценность фамилии именно в том, что она безошибочно указывает на место и способ называния предка — младшего или маленького Меньши.