Фамилия Меньшинский — классический пример фамилии, образованной от географического названия с помощью суффикса -ский. Такая модель в XVI–XVII веках была распространена прежде всего среди польской шляхты и русского духовенства, а позже — среди мещан и крестьян, получавших фамилии по месту рождения или владения.

Основа фамилии — топоним Меньшино, Меньшин, Меньшинская или Меньшинск. Названий с корнем «меньш-» в России и на Украине десятки: деревни Меньшиково, Меньшины, Меньшово есть в Архангельской, Вологодской, Кировской, Свердловской областях, в Пермском крае. В основе этих названий лежит прилагательное «меньший» — младший, неглавный. В старину «меньшаком» или «меньшиком» звали младшего сына в семье, того, кто оставался при отце после раздела хозяйства старших братьев. Соответственно, Меньшинский — это человек из рода Меньшиных или выходец из селения, названного по фамилии или прозвищу основателя.

Интересная деталь: фамилия Меньшинский встречается гораздо реже, чем однокоренные Меньшиков или Меньшов. Суффикс -ский указывает на более позднее оформление и часто — на книжное, семинарское происхождение. В духовных училищах XIX века будущим священникам нередко давали фамилии по названию родного села, причём искусственно русифицируя форму: из «Меньшино» делали «Меньшинский». Поэтому носитель такой фамилии с высокой вероятностью происходит из семьи священнослужителя или из тех крестьян, кому фамилию дали при переписи по названию деревни.

Споров вокруг этимологии почти нет: корень прозрачный, а альтернативные версии — например, связь с тюркским словом «меньш» (несуществующим) или с польским mniejszy — выглядят натянутыми. Наиболее правдоподобно: предок был либо младшим в роду, либо жил в Меньшине.