Фамилия Меркухина — женская форма мужской фамилии Меркухин. Её основа восходит к имени Меркул, народной форме церковного имени Меркурий. В святцах это имя носил раннехристианский святой Меркурий Кесарийский, но в русской традиции имя закрепилось в упрощённых вариантах: Меркул, Меркуша, Меркуха. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Меркухин буквально означает «сын Меркухи» или «человек из семьи Меркухи».

Особенность этой фамилии — вторая основа, которая могла возникнуть не только от уменьшительной формы имени. В некоторых говорах «меркуха» — прозвище для человека с приметной внешностью или повадками: так могли назвать суетливого, вертлявого, как бы «мелькающего» человека. Слово «меркуть» в северных и сибирских диалектах означало «мелькать», «мерещиться». Поэтому фамилия может быть не патронимической (по отцу), а прозвищной — от черты характера или поведения.

Фамилия редкая, её география тяготеет к центральным и северным областям России: встречается в архивах Вологодской, Костромской и Нижегородской губерний. В дореволюционных переписях Меркухины числились преимущественно крестьянами и мещанами, что типично для фамилий на -ин, образованных от канонических имён в народной форме. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Меркулов, Меркушев, Меркурьев — показывает, что Меркухин стоит в ряду самых «обиходных» вариантов: она образована от краткой, почти просторечной формы имени, в отличие от фамилий на -ев или -ов, которые чаще возникали от полных форм. Это указывает на невысокое социальное положение первых носителей: в крестьянской среде полное имя Меркурий было редкостью, а Меркуха — бытовым именованием.