Фамилия Меркурев — редкий случай, когда церковное имя сохранилось в почти нетронутом виде, но с нестандартным суффиксом. В основе лежит крестильное имя Меркурий (от латинского Mercurius — бог торговли в римском пантеоне). В святцах это имя носил раннехристианский мученик Меркурий Кесарийский, поэтому оно было в ходу у русских священников и благочестивых крестьян. Однако полная форма «Меркурий» в быту почти не использовалась — её заменяли уменьшительные варианты: Меркул, Меркуша, Меркуха. От них пошли массовые фамилии Меркулов, Меркушин, Меркухин.

Меркурев стоит в этом ряду особняком. Суффикс -ев присоединён к полной основе «Меркур-» (без окончания -ий). Такая модель встречается, но редко: обычно от имён на -ий образовывали фамилии через усечение (например, от Юрий — Юрьев, от Дмитрий — Дмитриев). Меркурев — то же самое: «чей сын? — Меркурев», то есть потомок человека по имени Меркурий. Вариант Меркурьев (с мягким знаком) встречается чаще, но Меркурев — более архаичная, «застывшая» форма, которая могла закрепиться в конкретной местности.

Вероятнее всего, фамилия возникла в среде духовенства или посадских людей северных и центральных губерний России, где полные имена дольше держались в обиходе. Меркурев — не дворянская фамилия (в родословных книгах она не значится), а крестьянская или мещанская, передававшаяся по мужской линии без изменений. Встречается она точечно: по переписям XIX века носители жили в Вятской, Костромской и Пермской губерниях — регионах, где старообрядцы и сельские приходы бережнее относились к полным календарным именам.

Сегодня фамилия редкая. В современной России её можно найти в Пермском крае, Кировской области и в Москве — как результат миграций XX века. Меркурев и Меркурьев — однокоренные «родственники», но первая форма сохранила более древнее ударение на последний слог (Меркурéв), тогда как вторая часто произносится с ударением на «у» (Меркýрьев).