Фамилия Меркурий — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище или профессия, а напрямую имя собственное. Это не крестильное имя (в святцах такого нет), а античное имя римского бога торговли, путешественников и воров — Меркурия. В русской традиции оно стало известно через церковнославянские тексты, но в народный обиход вошло скорее как книжное, учёное или семинарское.

Вероятнее всего, фамилия Меркурий — искусственная, семинарская. В духовных училищах и семинариях XVIII–XIX веков ученикам нередко давали фамилии по именам античных богов, философов или по названиям праздников. Меркурий — один из таких вариантов, наряду с Юпитеровым, Аполлоновым или Дианиным. Семинарист мог получить её за успехи в риторике или за весёлый нрав, созвучный покровителю торговли, но чаще всего — просто по прихоти начальства, чтобы выделить ученика среди однофамильцев.

Вторая, менее вероятная версия — что фамилия происходит от прозвища Меркурий, которое могли дать человеку в миру. Например, быстрому, подвижному, «как ртуть» (ртуть по-латыни — hydrargyrum, но ассоциация с богом-вестником напрашивалась). Или же торговцу, который постоянно в разъездах. Однако в крестьянской среде такие прозвища встречались редко: античная мифология была чужда простому народу, и Меркурием скорее назвали бы попа или приказного, чем пахаря.

У фамилии нет типичного для русских фамилий суффикса (-ов, -ин, -ский), она застыла в форме чистого имени. Это тоже указывает на её позднее, книжное происхождение: в дворянских и купеческих родах фамилии без суффикса — редкость, а в среде духовенства — обычное дело. Географически такие фамилии чаще встречались в центральных губерниях, где располагались семинарии, но точных данных по распространению Меркурий нет: фамилия крайне редкая.

Сравните с однокоренными: Меркулов, Меркурьев, Меркушин — они образованы от разговорных форм имени Меркурий (Меркул, Меркуша) и гораздо более распространены. Фамилия Меркурий стоит особняком: она не крестьянская, не дворянская, а «учёная», книжная. Её носитель, скорее всего, потомок семинариста, получившего звучное античное имя в наследство.