Фамилия Мерлис, вероятно, образована от аналогичного прозвища, которое восходит к двум латышским словам: mer, что в переводе на русский язык означает «размерный, большой» и lesa, то есть «сплавина, зыбун, плавающий на поверхности водоёма; ковёр водных и болотных растений». Можно предположить, что такое прозвище указывало на место жительства его обладателя. Так, основатель рода Мерлис мог жить в заболотистой местности.