Фамилия Мерлюков — редкий пример того, как в основе родового имени могло лежать не христианское имя, а прозвище, данное по внутреннему качеству или даже по обрядовой функции. Образована она по стандартной модели: к прозвищу Мерлюк добавили типичный русский суффикс -ов, который указывал на принадлежность потомку этого человека. Проще говоря, Мерлюков — это «сын Мерлюка», «из рода Мерлюка».

Прозвище Мерлюк, по основной версии, восходит к украинскому прилагательному «мерлий» — «мертвый», «неживой». Прямолинейно толковать его как характеристику человека не стоит. Скорее всего, прозвище носило обережный смысл. В народной традиции существовал обычай давать детям «плохие» имена, чтобы обмануть злых духов: мол, не нужен вам этот ребенок, он и так «мертвый», «неживой», не зариться на него. Родители, надеясь вырастить красивого и здорового сына, нарекали его Мерлюком, тем самым отводя от него беду. Параллельно прозвище могло закрепиться и за взрослым — вялым, безучастным человеком, либо за тем, кто по роду занятий имел дело с поминальными обрядами и «мертвыми» душами. Вторая трактовка менее распространена, но тоже имеет право на существование.

Существует и альтернативная гипотеза, которая связывает фамилию с католическим именем Мерлин. Оно восходит к итальянскому merlo — «дрозд». Эта версия выглядит сомнительной: имя Мерлин отсутствует в православных святцах, а значит, в русской крестьянской среде оно почти не могло появиться. Если и допускать его, то лишь для предков выходцев из западнославянских земель — Польши, Чехии или Сербии, где подобные имена встречались чаще. Однако для фамилии с русским суффиксом -ов и украинской основой более естественным выглядит первое, обережное объяснение.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: формирование родовых имен на Руси шло несколько столетий, и закрепиться Мерлюковы могли в разных регионах независимо друг от друга. Но сама фамилия — живой памятник славянской культуры, в котором соединились и народный обычай охранять ребенка, и особенности местных говоров.