Фамилия Мерсикова — редкий случай, когда разбор упирается не в очевидное прозвище или профессию, а в почти стёртую основу. Если отбросить типичный для женских фамилий суффикс -а, остаётся мужской вариант Мерсиков. А в нём — корень «мерс-» и суффикс принадлежности -ов. Самая правдоподобная версия: в основе лежит прозвище Мерс или Мерся. В русских говорах слово «мерс» могло означать нечто мелкое, незначительное — сродни «мерзавец» в старом значении «негодный, плохой человек» или «мерзкий» (от «мёрзнуть» — озябший, жалкий). В словаре Даля зафиксировано «мерснуть» — коченеть от холода, чахнуть. Прозвище Мерсой или Мерсей могли дать хиленькому, вечно мёрзнущему человеку.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным «мерсить» (мирить, улаживать ссору). Тогда Мерся — это миротворец, но такой корень редок, и фамилий на -иков от него почти не встречается.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России — там, где говор сохранял слово «мерснуть». Встречается она исключительно редко, в основном в документах XIX—XX веков по Вологодской и Архангельской губерниям. Суффикс -ов указывает на то, что фамилия формировалась в среде крестьян и мещан: «чей? — Мерсиков сын», то есть сын Мерси (или Мерса).

По сословной принадлежности предки — скорее всего, крестьяне-середняки или ремесленники. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Если искать параллели, то однокоренные фамилии — Мерзляков, Мерзлов — построены от того же корня «мерз-», но с другим суффиксом. Мерсиков стоит особняком: он сохранил более архаичную форму, где корень не перешёл в «мерз-», а остался в виде «мерс-». Это как раз тот случай, когда фамилия — не зеркало профессии, а застывшая черта внешности или характера далёкого предка.