Фамилия Мержуева образована от прозвища или мужского имени Мержуй. Её основа — тюркское слово «мерж» или «мердж», которое в ряде языков означает «коралл» или «жемчуг». Встречается также значение «подарок» — в переносном смысле так могли называть долгожданного, «драгоценного» ребёнка. Женская форма фамилии — Мержуева — закрепилась за потомками по женской линии либо как вариант написания в документах, где окончание -а указывает на принадлежность роду.

Суффикс -ев в фамилии указывает на модель образования от основ, оканчивающихся на мягкий согласный или й. В данном случае исходное Мержуй дало Мержуев, а затем и Мержуева. Такая словообразовательная схема характерна для русских фамилий, возникших в среде, где тюркские прозвища адаптировались через русские патронимические суффиксы. Это говорит о том, что предок носителя фамилии, скорее всего, жил в зоне активных русско-тюркских контактов — на южных или восточных окраинах Российского государства, в Поволжье, на Урале или в Сибири.

Географически фамилия Мержуева встречается нечасто. Основные очаги её бытования — регионы с исторически смешанным населением: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область. Встречается также в казачьих областях, где тюркские корни не редкость. В дореволюционных переписях фамилия могла записываться по-разному: Мержуев, Мержуева, а также с вариантом Мержоев — из-за диалектного произношения или ошибок писарей.

С точки зрения социального контекста, носители фамилии Мержуева в большинстве своём принадлежали к крестьянскому или мещанскому сословию. В дворянских родословных книгах эта фамилия не зафиксирована. Это не делает её менее интересной: напротив, такие фамилии — живые свидетельства бытовых контактов, торговли и смешения культур на окраинах империи.

В ономастических справочниках фамилия Мержуева не получила подробного разбора, но её можно сопоставить с однокоренными: Мержанов, Мержоев, Мержуков. Все они восходят к одному тюркскому корню, но различаются суффиксами, что отражает разные пути адаптации в русской среде. Единственное, что можно сказать с уверенностью: фамилия Мержуева — не случайный звуковой набор, а метка, за которой стоит конкретная история человека или рода, связанная с Востоком.