Фамилия Мешалин ведет начало от прозвища Мешала, которое, в свою очередь, образовано от глагола «мешать». Однако за этим привычным словом скрываются два разных, но одинаково интересных значения. В псковских говорах «мешать» означало «сбалтывать, сбивать рукою, ложкою, мешалкою», а в калужских — «двоить землю, пахать вторично перед посевом». Эта двойственность делает фамилию особенно любопытной: она могла возникнуть в разных местах независимо, и предки носителей фамилии могли заниматься совершенно разными делами.

Исходя из значений глагола, прозвище Мешала относится к числу «профессиональных» именований. В первом случае оно указывает на человека, чья работа была связана с приготовлением пищи или изготовлением масла — повара или маслодела. Во втором — на земледельца, который занимался вторичной вспашкой земли перед посевом. Скорее всего, прозвище закрепилось за человеком как наиболее употребительное именование в быту, а со временем легло в основу фамилии. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мешалин — это «сын Мешалы», потомок человека с таким прозвищем.

Стоит отметить, что в русской ономастике фамилии, образованные от глагольных основ, встречаются реже, чем от имен или названий профессий, что делает Мешалиных заметным исключением. Само прозвище звучало живо и метко, что характерно для народной традиции именования — оно не просто называло занятие, но и отражало манеру поведения или характер человека.

Известным представителем фамилии является Иван Васильевич Мешалин (1901—1942) — историк, сотрудник Ленинградского отделения Института истории АН СССР. Его работа в академической науке показывает, что носители фамилии встречались в среде образованной интеллигенции первой половины XX века.

Процесс формирования каждой отдельной фамилии мог быть длительным и не всегда имел привязку только к одной местности. Поэтому окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии Мешалин можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований. Тем не менее, анализ прозвища и его диалектных значений дает достаточно ясное представление о том, кем могли быть первые носители этой фамилии.