Фамилия Мешихина — женская форма фамилии Мешихин. Её основа, скорее всего, связана с неканоническим именем или прозвищем Мешиха. В русской ономастике суффикс -их(а) часто указывал на принадлежность к женщине: Мешиха — это жена Меши (или дочь Меши). Само же имя Меша могло быть производным от глагола «мешать» или от слова «мешок» — в старину так могли прозвать медлительного, неуклюжего человека или того, кто таскал мешки. Возможна и связь с диалектным «меша» — так в некоторых говорах называли болтуна или путаника.

Модель образования фамилии типична для северных и центральных областей России. Фамилии на -ихин, -ыхин (как Мешихин, Косыхин, Болдырихин) встречаются реже, чем на -ов/-ев, и часто указывают на прозвищное происхождение: они не от крестильного имени, а от бытового прозвания, которое закрепилось за родом. В данном случае фамилия буквально означает «принадлежащий Мешихе», то есть потомок женщины по прозвищу Мешиха.

Встречаемость фамилии невысокая, что говорит о её локальном бытовании. Носители фамилии Мешихины в исторических документах могли быть крестьянами или посадскими людьми — прозвища такого типа обычно возникали в среде, где человека называли не по отцу, а по характерному признаку или занятию. Однокоренные фамилии — Мешков, Мешаев, Мешалов — более распространены, но Мешихин сохраняет редкую патронимическую форму с женским суффиксом, что делает её ценной для изучения народной антропонимии.

Если рассматривать альтернативную версию, то основа могла быть связана с тюркским именем Меша (например, от «меш» — «луна»), но для русской фамилии это менее вероятно: географическое распространение и типичный суффикс указывают на славянскую почву. Спорные гипотезы о происхождении от названия реки или населённого пункта не подтверждаются картографическими данными — известных топонимов «Мешиха» в России не зафиксировано.