Фамилия Мезен короткая, а потому загадочная. В ней нет привычного русского суффикса -ов или -ин, что сразу указывает на её происхождение: это не «притяжательное» название по отцу (чей? — Мезин), а либо застывшая топонимическая форма, либо прозвище, которое не стали русифицировать.

Самая вероятная версия — географическая. Мезень — это и река на севере европейской части России, и город в Архангельской области. Выходец с этих мест, переселившийся в другую губернию, легко мог получить прозвание «Мезен» или «Мезенец». В документах XVI–XVII веков такое прозвище фиксировали у поморов и крестьян, которые уходили на промыслы за Урал или в Сибирь. Фамилия без суффикса — так называемая «полуфамилия» — часто оставалась у людей из простонародья или у священников, которые при поступлении в семинарию брали себе фамилию по месту рождения в упрощённом виде.

Вторая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование, — отчество от нецерковного имени Мезен. В древнерусских говорах «мезень» или «мезенок» — это мелкая, неходкая монета, а в переносном смысле — человек невысокого роста или незнатного положения. Однако эта гипотеза слабее: слово «мезень» в значении «мелочь» было диалектным и узколокальным, а река Мезень известна каждому северянину.

С точки зрения словообразования фамилия уникальна: она стоит в ряду таких же «голых» топонимических фамилий, как Вологда, Пермь, Казань. В отличие от них, Мезен не получила распространения в дворянской среде — это фамилия крестьянская и мещанская. Встречается она преимущественно на Русском Севере, в Поморье, а также среди старообрядцев, которые переселялись в Сибирь.

Таким образом, если ваши предки носили фамилию Мезен, скорее всего, их корни — с берегов одноимённой реки, а сама фамилия — это короткая и точная метка, указывающая на место, откуда родом.