Фамилия Мезенина восходит к названию реки Мезень, выходцем с берегов которой был основатель рода Мезениных. Эта река протекает в Архангельской области и впадает в Белое море. Относительно происхождения названия Мезень нет единого мнения. Согласно одной из версий, название Мезень восходит к коми-основе. На языке коми река называется Мозын. Предположительно это слово означает «река племени мось». В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Мезен, со временем получил фамилию Мезенина.