Фамилия Мигалин — из числа тех, что образованы от прозвища, а не от имени или профессии. В её основе лежит древний глагол «мигать», и в старину так могли назвать человека с живыми, беспокойными глазами, того, кто часто моргал, щурился или, напротив, обладал быстрым, «мигающим» взглядом. Менее очевидный, но возможный смысл — «мигало», то есть глаз, и тогда прозвище доставалось человеку с каким-то заметным дефектом зрения или выразительной внешностью.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная. Сначала от глагола «мигать» возникло прозвище Мигач, Мигун или Мельгун. Затем от одного из этих прозвищ через притяжательный суффикс -ин образовалась фамилия, отвечающая на вопрос «чей сын?» — сын Мигача, то есть Мигалин. Суффикс -ин в русских фамилиях указывает на родство, и Мигалины — это буквально «дети Мигача». Интересно, что форма Мельгун, встречающаяся в источниках, добавляет к корню экспрессивный оттенок: такие прозвища с суффиксом -ун в народной речи давали людям подвижным, непоседливым, с «бегающими» глазами.

Точное время и место возникновения фамилии назвать невозможно — прозвища такого типа бытовали повсеместно в северных и центральных русских землях, где были распространены формы на -ин. Фамилия не относится к аристократическим, а значит, её носители — потомки крестьян, посадских людей или служилых низших разрядов, у которых фамилии закрепились в XV–XVII веках. Сейчас Мигалины встречаются по всей России, но чаще всего в регионах, откуда шла активная миграция на Урал и в Сибирь, что типично для фамилий, образованных от прозвищ, а не от географических названий.